Megalania prisca fue clasificado en principio en su propio género monotípico. Su estatus como género válido sigue siendo controvertido, ya que muchos autores prefieren considerarlo un sinónimo menor de Varanus,6 el cual abarca a todos los lagartos varanos actuales. Ya que el género de los nombres Megalania y Varanus son diferentes (femenino y masculino, respectivamente), el epíteto prisca cambia a priscus (de acuerdo con el Código de la ICZN).3
El género Megalania es incluido como un sinónimo de Varanus por varios investigadores debido a las relaciones internas de las muchas especies dentro de Varanus; M. prisca está muy cercanamente relacionado con los otros varanos australianos clasificados como Varanus, por lo que excluir a M. prisca de Varanus haría que este último género se convirtiera en una agrupación no natural. Ralph Molnar señaló en 2004 que, incluso si las especies del género Varanus fueran divididas en los grupos actualmente designados como subgéneros, V. priscus aún sería clasificado dentro de Varanus, porque ese es el subgénero en uso para todos los varanos australianos, siendo igual al nombre del género del grupo. A menos que estas especies de varanos australianos sean clasificadas cada una en sus propios géneros, Megalania no será un nombre válido de género. Sin embargo, Molnar señaló que "megalania" es un término apropiado no para ser usado como el nombre científico, sino el nombre común para la especie Varanus priscus
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